W zbiór Estonii wchodzi przeszło 1500 wysp także wysepek wewnątrz Zatoce Ryskiej (największe Sarema także Hiuma) o łącznej powierzchni 4,2 tys. km² (9,2% powierzchni kraju). Zachodnie zbocze pewnie rozczłonkowane, niskie, północne – wysokie oraz strome. Większość obszaru stanowią tereny nizinne (średnia wysokość 50 m) z najwyższym wzniesieniem Suur Munamägi, sięgającym 318 metrów n.p.m. Rzeźba polodowcowa (moreny, drumliny, ozy, jeziora). W północno-wschodniej części wysoczyzna Pandivere (wys. do 166 m), na południu plus południowym-wschodzie wzniesienia Sakala, Otepää dodatkowo Haanja (do 318 m). Klimat umiarkowany, tymczasowy wśród morskim oraz kontynentalnym. Średnia gorączka wewnątrz najchłodniejszym miesiącu (w lutym) wynosi odkąd –6°C na wschodzie, do –2°C na zachodnich wyspach, w środku lipcu 16-17°C. Suma roczna opadów 600-700 mm, wartość maksymalna od chwili lipca do września. Gęsta sieć rzeczna, zwłaszcza wewnątrz południowej części, główne rzeki: Narwa, Ema, Parnawa; przeszło 1000 jezior (ok. 5% powierzchni kraju), największe Pejpus (graniczne z Rosją). Estonia leży w środku strefie lasów mieszanych. Na ubogich glebach piaszczystych rosną bory sosnowe (z sosną zwyczajną), na glebach w wyższym stopniu żyznych lasy świerkowe (ze świerkiem pospolitym), czasem ze znacznym udziałem dębu szypułkowego plus innych drzew liściastych. Lasy zajmują ok. 18% powierzchni kraju, torfowiska (przeważnie wysokie) również tereny podmokłe – 20%. Na świt od czasu Tallinna (na wybrzeżu Zatoki Fińskiej) Park Narodowy Lahemaa.
Największe wyspy należące do Estonii to:
Zobacz też: Wyspy Estonii; Rzeki Estonii